Poważną chorobą czereśni jest brunatna zgnilizna. Brunatna zgnilizna jest powodowana przez grzyb Monilinia. Poraża kwiaty, owoce i gałązki. Brunatna zgnilizna jest szczególnie niebezpieczna przy wilgotnej pogodzie. Charakteryzuje się występowaniem brązowych plam na owocach i liściach. Gdy plamy stają się większe, owoce gniją. Aby chronić się przed tą chorobą, należy regularnie usuwać porażone owoce i gałązki. Wiosną czereśnie należy opryskiwać fungicydami, takimi jak Bravo, Topaz lub Topsin M.
Wreszcie, czarny węzeł jest bardzo niebezpieczną chorobą grzybową czereśni. Charakteryzuje się występowaniem czarnych węzłów na gałęziach i gałązkach. Węzły rosną i w końcu pokrywają całą gałąź. Aby zapobiec rozprzestrzenianiu się choroby, należy usuwać porażone gałęzie i gałązki. Wiosną drzewa wiśni powinny być opryskiwane środkami grzybobójczymi, takimi jak mieszanka Bordeaux lub środki zawierające miedź.